1、傳代保存法
有些微生物當遇到冷凍或單調等處理時，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養保存法。傳代培養便是要守時地進行ATCC細胞轉接、培養后再保存，它是基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產菌種的保存。傳代保存時，培養基的濃度不宜過高，營養成分不宜過于豐盛，尤其是碳水化合物的濃度應在或許的范圍內盡量下降。培養溫度通常以稍低于適生長溫度為好。若為產酸ATCC細胞，則應在培養基中增加少數碳酸鈣。一般地，大多數菌種的保藏溫度以5℃為好，像厭氧菌、霍亂弧菌及部分病原真菌等微生物菌種則可以運用37℃進行保存，而蕈類等大型食用菌的ATCC細胞則可以室溫直接保存。
傳代培養保存法盡管簡練，但其缺陷也很明顯，如：
①ATCC細胞管棉塞常常簡略發霉;
②菌株的遺傳性狀簡略產生變異;
③重復傳代時，菌株的病原性、構成生理活性物質的才干以及構成孢子的才干等均有下降;
④需求守時轉種，作業量大;
⑤雜菌的污染機會較多。
2、液體白臘覆蓋保存法
該法較前一種方法保存ATCC細胞的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。此法可防止單調，并經過限制氧的供給而到達削弱微生物代謝作用的目的。其具有方法簡練的優點，一起也適用于不宜冷凍單調的微生物(如產孢才干低的絲狀菌)的保存，而某些細菌如固氮菌、乳酸桿菌、明串珠菌、分枝桿菌、紅螺菌及沙門氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克銀漢霉、毛霉、根霉等不宜選用此法進行ATCC細胞保藏。
3、懸液保存法
即便微生物混懸于恰當溶液中進行保存的方法。常用的有：
① 蒸餾水保存法：適用于霉菌、酵母菌及絕大部分放線菌，將其菌體懸浮于蒸餾水中即可在室溫下保存數年。本法應留心防止水分的蒸發。
② 糖液保存法：適用于酵母菌，如將其菌體懸浮于10%的蔗糖溶液中，然后于冷暗處保存，可長達10年。除此之外，也可運用緩沖液或食鹽水等進行保存。
在進行冷凍單調時，需留心以下幾個問題：
1.冷凍單調前的培養條件：首要查驗ATCC細胞純度。一般地說，將待保存的微生物在營養豐盛且簡略增菌的培養基上進行培養為宜;菌齡以到達對數生長期為好;若為有芽孢或孢子的微生物，則以芽孢和孢子構成今后進行保存為好;菌液濃度以高為好，如細菌應到達109～1010/ml。可在安瓶外側符號或在安瓶內封入標簽。
2.安瓶的預備：將安瓶在2%HCl中浸泡過夜，自來水沖刷3次后，蒸餾水刷凈，單調，塞棉塞，貼標簽，干熱滅菌或溫熱滅菌后，60℃恒溫單調。
3.ATCC細胞增加保護劑：常用的保護劑有脫脂乳、12%蔗糖、加7.5%葡萄糖的一般肉湯以及加7.5%葡萄糖的血清等等。
4、冷凍單調保存法
它的原理是首要將微生物冷凍，然后在減壓下使用進步現象除去水分。從菌體中除去大部分水分后，細胞的生理活動就會中止，因此可以到達長期保持生命狀況的目的。該方法適用于絕大多數微生物ATCC細胞(包括噬菌體和立克次氏體等)的保存。
在保藏過程中，必須使微生物的代謝處于不活潑或相對停止的狀況，才能在一定的時間內使其不發生變異而又保持生活能力。