脈沖殺菌設備主要由脈沖發生器、控制開關、進料泵、處理室和冷卻系統幾部分組成，其中脈沖發生器和處理室是裝置的關鍵部分。處理室兩電極一端接高壓脈沖電源，另一端接地。采用泵送方式將待殺菌的液態或半液態食品送進處理室，然后經過高壓脈沖電場殺菌，處理時會產生一定的熱量引起食品升溫（一般操作中食品的Zui高溫度低于50℃），為了使物料溫度不致過高，可以通過冷卻系統降溫。
1、對象菌的種類不同菌種的微生物對電場的承受能力有很大差別，如革蘭氏陰性菌較陽性菌易殺滅；無芽孢菌較有芽孢菌容易被殺滅；處于對數生長期的菌體比處于穩定期的菌體對電場更為敏感。在相同脈沖電場殺菌條件下，食品中常見細菌的存活率排序為：霉菌>乳酸菌>大腸桿菌>酵母。
2、原始活菌數在相同溫度下施加同樣時間的脈沖，原始活菌數多的食品，其活菌數減少的對數值要大于原始活菌數低的食品。
3、食品的濃度與黏度濃度高、黏度大的食品利用脈沖殺菌時，殺菌效果要受到一定程度的影響，如對濃縮果汁的脈沖殺菌效果不如鮮果汁的殺菌效果好。
4、介質電導率介質電導率會影響放電時的脈沖強度和脈沖次數。介質電導率高的，脈沖頻率相應提高，但脈沖寬度隨之下降。這意味著即使脈沖數目不變，由于殺菌總時間下降，殺菌效果相應下降。
5、介質pH在脈沖殺菌的前期，pH對殺菌效果的影響不大，但當脈沖數增至一定值時，pH開始顯示對殺菌效果的影響。
6、處理溫度在24～60℃的溫度范圍內，脈沖殺菌效果隨處理溫度的升高而有所提高，其提高程度一般在10倍以內。
7、處理時間在一定時間范圍內，隨著殺菌時間的延長，對象菌的存活率明顯下降，但當下降變得平緩時，即使再延長殺菌時間，殺菌效果也無明顯增加。
8、電場強度電場強度對殺菌效果的影響均比以上因素明顯，增加電場強度，對象菌的存活率明顯下降。電場強度從5Kv/cm增加至25kV/cm時，殺菌對數曲線斜率增加一倍。