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从那时起叶洪毅少校就对“阿提拉计划”产生了怀疑，当时少校已属军方高层，并且直接负责训练第5代兵人。经过他的暗中调查，终于发现了部分真相，原来整个培养超能者的“阿提拉计划”也只不过是个幌子，包括军方在内的很多机构都不过是政府的玩偶，一个代号“溯源”的绝密计划才是他们的真正目的。
联合体政府为什么不惜投入巨大的资源，设立重重迷雾来掩盖这个所谓的“溯源”计划呢?原来这竟跟联合体的元首，同时也是美利坚合众国的最后一任总统——约翰.威尔顿有关。
“纽约末日”之后，当时的美国政府进行了大规模的调查，通过取缔银杏生物科技公司在美国各处的研究机构，派遣人员进入赤域等手段收集了大量情报信息，可惜这些情报信息还没来得及发挥作用美国政府就倒台了。作为美国最后一任总统的约翰.威尔顿怀揣着这些重要情报信息开始了他传奇式的后半生，他四处奔走，联系各个州的武装组织和地方军阀，组建了阿美独立国家联合体政府。
联合体政府在之后的几十年里经历了快速发展、由盛转衰、风雨飘摇等阶段。在最危急的时刻，作为联合体政府元首的约翰.威尔顿决定利用手中的情报信息实施一个孤注一掷的计划——找出“赤魔病毒”产生的源头，掌握控制病毒的技术，这就是“溯源”计划的由来。
随后叶洪毅少校被指派参与了塑源计划的二号方案，他所能了解到的东西就更多了。首先，“源发物”是银杏生物科技公司对病毒源头的称呼，不过它具体是个什么东西谁也不知道。而“源发物质”则是一种通过实验获得的物质，这种物质具有“源发物”的某些特性。
在塑源计划的一号方案中，研究人员通过兵人胚胎实验，成功提取出了“源发物质”，可是在使用时却遇到了问题，根据情报显示，只要把“源发物质”注入超能者体内，那么这些超能者便能拥有控制“赤魔病毒”的能力，能使沉睡在基因组件中的病毒“复活”，甚至能操纵被病毒感染的生物。可是在现实中，实验却屡遭失败，不但将那些几经辛苦提取的“源发物质”消耗殆尽，连仅有的5名超能者也实验中死亡过半。
塑源计划陷入了进退两难的境地，迫于无奈启动了二号方案。同时，研究人员不再冒险将剩余的两名超能者作为实验对象，转而将目标对准了其他幸存的74名兵人实验体——其中当然包括翔宇和伊芙。
这下叶洪毅少校坐不住了，他那时已将翔宇和伊芙视为儿女般的存在，他想了各种方法避免两人成为试验品，包括让翔宇去偏远的地方进行实战训练，为伊芙申请封闭式的间谍培训课程等。
但少校最为担心的事情还是发生了，在一次看似普通的例行健康检查中，伊芙被秘密注射了“源发物质”，虽然她依然顽强地活了下来，体内的基因却变得紊乱，健康状况每况愈下。
为了拯救翔宇和伊芙，叶洪毅少校毅然背叛了曾经发誓效忠的阿美独立国家联合体政府。他盗取了政府的绝密档案，为两人安排好了出逃计划，然后又亲自参加了极为危险的“源发物”搜寻行动，因为他相信只有这样才有一丝机会治愈被“源发物质”感染的伊芙。
少校啊，你默默付出了这么多，却从不让我和伊芙知道，是嫌我们根本帮不上忙么。解码仪前的翔宇此刻感慨万千，缠绕在心头多年的谜团终于解开，同时也代表他正式接下了少校未能完成的目标，找到“源发物”，挽救伊芙的生命！
说到这个关系重大的“源发物”可是个极其神秘的东西，首先银杏生物科技公司很少提起它的来源，即使是当年的美国政府也没能获得关于它的确切情报，只知道“源发物”是该公司所有研究的核心，即是“赤魔病毒”的源头，又可以控制或是将病毒消灭于无形，更为神奇的是它具有使某些生物起死回生功能，银杏生物科技公司当年的实验报告中称“源发物”能将生物体内的基因重组并调节到最佳状态，效果比任何现代基因技术都更好，而且没有发现其他副作用，所以叶洪毅少校认为只有找到“源发物”才能从根本上解决伊芙的问题。
翔宇将解码仪旁放着的银白色头盔戴在头上，他伸出手指在头盔上轻点了几下，头盔的目镜位置亮起了黄光，翔宇眼前出现了几个红色影像，这些影像是隔壁研究人员的热能成像，隔着一堵超过2米的水泥砖墙，翔宇仍能清晰地观察到他们的一举一动，他又在头盔上点了一下，通讯装置里传来了断断续续的对话声：“200CC的……4A的宽口钳。”“生物电…...阀值，……增幅器吗？”“不……就，把……”虽然听的不是很真切，但翔宇已能大概猜出他们在讨论什么。经过几次测试，他对这个新的防辐射头盔还是比较满意的，有了它，再加上那件还在改造的纳米特战服，以及那些新购买的武器装备，他对实施接下来的计划有了一定把握。
本来按照翔宇原来的想发，他将很快带伊芙离开赤域地区，他从商人盖比那里购买齐托拉联盟的公民身份也正是为了这个目的。但得到叶洪毅少校遗留的信息后他改变了计划，他决定再次进入赤域内圈，甚至深入危险的赤域中心，他的目的有两个：一是找到“源发物”，彻底治好伊芙；二是争取获得更多的新品种基因组件，为以后的生活积累资金。另外如果可能的话，他还想顺便解弄清整件事的来龙去脉，比如说吉拉姆斯的目的，“新领域”和“最终秩序”最近表现异常的原因等等，不过他最想知道的是少校为什么会死在那个暗无天日的地下实验室里，这点在少校遗留的信息中没有任何线索，好像被特意回避了。
如果是人为的话，我一定会为少校报仇的！翔宇捏紧了拳头。
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