殼聚糖具有較強的抗真菌性的事實已為人熟知。Alen等人對46種真菌的抑菌實驗發現殼聚糖對薄狀菌屬、脈孢菌屬、座線孢菌屬等32種真菌具有抑制作用。一般地,當殼聚糖的濃度達到100μg/mL時,即可表現出抗真菌性,且抗真菌性與殼聚糖顆粒的大小成反比。殼聚糖的聚合度對其抗真菌性有較大的影響,聚合度降低,則殼聚糖所能抑制的真菌種類減少,但抑制的程度加強。Kendra等人還發現,七聚體的殼聚糖具有最強的抗真菌性。
殼聚糖對大腸桿菌、熒光假單胞菌、金黃色葡萄球菌、枯草桿菌等有良好的抑制作用,并且還能抑制鮮活食品的生理變化。殼聚糖天然無毒,適用于偏酸性及含蛋白質少的食品保鮮,遇高分子和離子性復合物可凝集。例如水果的防腐保鮮,用量為醋酸0.1%+殼聚糖0.05%-0.1%。
殼聚糖的衍生物也有很好的抗菌性,甚至強于殼聚糖。