殼聚糖的結構決定其性質，它是直鏈型的高分子聚合物，由于分子中存在游離氨基，在稀酸溶液中被質子化，從而使殼聚糖分子鏈上帶上大量正電荷，成為一種典型的陽離子絮凝劑。殼聚糖作為絮凝劑，其作用機理主要是：

      1、橋聯作用。絮凝分子借助離子鍵、氫鍵同時結合了多個顆粒分子，因而起到了“中間橋梁”的作用，把這些顆粒聯結在一起從而使之形成網狀結構沉淀下來。

      2、電中和作用。水中的膠粒一般帶負電荷，當帶有正電荷的鏈狀生物大分子絮凝劑靠近膠粒時，中和其表面的部分電荷，使膠粒脫穩，相互之間發生碰撞而沉淀。

     3、基團反應。絮凝劑大分子中的某些活性基團與被絮凝物質相應的基團發生化學反應，聚集成大分子而沉淀下來。

      殼聚糖廠家表示殼聚糖作為絮凝劑與其它合成高分子絮凝劑相比，更容易被環境中的微生物降解，不會產生二次污染。殼聚糖含有大量的羥基和氨基，可與其它有機分子，如蛋白質、氨基酸、核酸、酚類化合物、脂肪酸等形成氫鍵、共價鍵或配位鍵而牢固結合。殼聚糖對有機物的吸附有物理吸附、化學吸附和離子交換吸附。化學吸附是單層吸附，有選擇性。物理吸附是通過靜電引力、疏水交互作用等的吸附，是多層吸附。殼聚糖在溶液中與廢水中的離子進行離子交換反應是離子交換吸附，為等當量交換吸附。