1.手续简便
申请手续简便是马德里国际商标注册的重要优势，商标申请人仅需用一种语言，在国内向主管机关提交一份申请书，缴纳一次费用，即可指定多个缔约国申请保护。
2.注册周期有保障
如前所述，通过马德里国际商标注册申请指定缔约方的商标保护大概需要2年的时间。如果使用单一国家注册的途径，部分国家和地区的申请注册周期可短至3-6个月，但有些可能长达数年。可见，马德里国际商标注册的时间与周期更具可预测性。
3.费用相对低廉
对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，采用马德里国际商标注册的方式申请商标保护仅需缴纳一次费用，而采用单一国家注册的方式则需向不同的国家逐一缴纳申请商标注册的费用。由此可见，申请的国家越多，马德里国际商标注册的价格越明显。
4.方便后续管理
对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请人而言，可直接通过WIPO办理多个缔约方的转让续展，注销申请，通过一次变更即可将名称/地址的变更扩展至所有的缔约方。可见，相比于单一途径申请的商标，马德里国际商标的后续管理更便捷。