噴漆房被廣泛地應用于汽車、工業機械、家具噴漆的工藝過程中，但由于實際應用中考慮不周以及凈化技術的不完善各企業中都存在著不同問題。常見問題有以下幾種：
1、給排風的設計不合理造成噴漆操作環境排風效果不佳。主要表現是給風過濾系統阻力大、產生負壓、局部有死角。在噴漆作業時反彈漆霧對板件有二次污染現象對產品質量有一定的影響。
2、片面追求給排風效果使給排風風量及風壓過大從而增加了設備投入和運行費用。尤其對北方的木器生產廠，冬季還需要加熱送風給排風的風機過大造成的損也就越大從而增加了企業生產成本。一般說來在設計計算吸口風速要求控制在0.05m/s,送風出口的風速控制0.35m/s,以此選擇風機的機型。
3、噴漆房的照明布局不合理、對應的照度不夠不能給噴漆提供良好的工作環境還有一些企業在漆房的照明上不采用防爆的燈具給生產帶來嚴重的安全隱患。
4、 漆霧的凈化方法不合理對于干式的噴漆房一般企業只是對漆霧中的固體成分進行初級處理而漆霧中的有機成分則直接排放在大氣中排放的標準根本不達標對環境造成一定的污染。而對于濕式噴漆房一些企業也只是通過水幕把漆霧水洗下來 廢渣清理后的廢水直接排放掉對水土造成二次污染。
5、在設計制作安裝時也存在很多問題對工件制作和安裝的質量不高存在漏風現象對整體密封效果產生很大的影響。同時在給排風管件設計上也有一定問題如彎頭、排風雨罩、變徑風管等方面。