O talento de membros convidados destes visionários musicos, ao lado de rockers independentes, como Jad Fair, Cat Power Chan Marshall, e a Boredoms "Yoshimi P-We, permitiu ao grupo um som excitante cada vez que fora o resultado directo da mudança de pessoal. Topper, escreve a maioria das letras e canta, Flanagin, director musical do projecto,toca guitarra entre outros instrumentos, e os dois representam os músicos que têm aparecido de forma consistente em todos os registos dos God Is My Co-Pilot.
A idéia de formar o grupo surgiu em 1990, quando Flanagin, que cresceu numa quinta em Nova York, e Topper, um nativo de Long Island, encontraram-se, e sentiram-se alienados da música moderna. Um verdadeiro "espírito Do It Yourself (DIY),que sabia muito pouco sobre música, e posteriormente comprou a primeira guitarra, e aprendeu a tocar sozinho. Logo,desenvolveu a sua própria técnica de improvisação, que desafiou o padrão dos progressos, acordes e outros padrões aceites musicalmente, e em seguida, começou a tocar com um baixista chamado James Garrison. Convidaram Topper, na época namorada de Flanagin, para participar nas sessões de improviso. Entusiasmado com os resultados do trio, Flanagin foi em busca de um baterista, acabou por encontrar Siobahn Duffy, que esporadicamente abandonava o grupo, e alistaram o percussionista Michael Evans para preencher o lugar, até que Duffy voltasse.