Στην αρμοδιότητα του Φορέα Διαχείρισης Λιμνοθάλασσας Μεσολογγίου – Αιτωλικού ανατέθηκε η διοίκηση και διαχείριση των περιοχών Natura 2000 και ειδικότερα των λιμνών Τριχωνίδας, Οζερού και Αμβρακίας και των ορεινών όγκων Αρακύνθου, Παναιτωλικού και Ακαρνανικών.